فهرست برترین دانشگاههای پاکستاناستاندارهای جهانی مختلفی در باب رتبه‌بندی وجود دارد که مشهورترین این رتبه‌بندی‌ها، تایمز، شانگهای، وبومتریکس، ISC و چند مورد مهم دیگر هستند. هر رتبه‌بندی از معیارهای مخصوص به خود استفاده می‌کند که در این بین وزن بیشتر به پژوهش و سپس آموزش اختصاص دارد.کمیسیون آموزش عالی پاکستان از روش شناسی نظام رتبه‌بندی بین المللی QS استفاده می‌کند که بر اساس بازخوردهایی که از دانشگاههای پاکستان دریافت کرده تغییراتی در معیارها و شاخصهای QS به عمل آورده است.بر این اساس 60 امتیاز به کیفیت (شامل معیارهای اعتبار بخشی 18 و کیفیت آموزش 42 امتیاز) و 40 امتیاز به پژوهش اختصاص یافته است.دانشگاه قائد اعظم، برترین دانشگاه پاکستان است و انستیتو مهندسی و علوم کاربردی پاکستان، دانشگاه آقا خان در کراچی به ترتیب حائز رتبه‌های دوم و سوم هستند.دانشگاه کشاورزی فیض آباد، دانشگاه پنجاب، دانشگاه ملی علوم و فناوری، دانشگاه علوم کشاورزی پیر مهر علی‌شاه، دانشگاه علوم بهداشتی لاهور، انستیتو فناوری کامستک، دانشگاه علوم مدیریت لاهور، به ترتیب رتبه های چهارم تا دهم را به خود اختصاص داده اند.کشاورزی و دامپزشکی: دانشگاه کشاورزی فیض آباد، دانشگاه کشاورزی پیر مهر علی‌شاه، دانشگاه دامپزشکی و علوم دامی لاهور، دانشگاه کشاورزی KPK در پیشاور، دانشگاه کشاورزی سینه در تاندوجامهنر و طراحی: کالج ملی هنرها در لاهور، مدرسه هنرها و معماری ایندوس ولی در کراچیعلوم و کامپیوتر: انستیتو فناوری اطلاعات کامستک در اسلام آباد، دانشگاه ملی کامپیوتر و علوم نوظهور در اسلام آباد، دانشگاه کورتابا، دانشگاه فناوری اطلاعات و علوم مدیریت بلوچستان در کویته و سیتی یونیورسیتی پیشاورمهندسی و فناوری: انستیتو مهندسی و علوم کاربردی پاکستان در اسلام آباد، دانشگاه ملی علوم و فناوری، انستیتو مهندسی علوم و فناوری غلام اسحاق خان در تاپی، دانشگاه مهندسی و فناوری در لاهور و دانشگاه مهندسی و فناوری در تاکسیلاآموزش بازرگانی: دانشگاه علوم مدیریت لاهور، انستیتو مدیریت بازرگانی کراچی، دانشگاه اقراء در کراچی و کالج ملی مدیریت بازرگانی و اقتصاد در لاهورپزشکی: دانشگاه آقاخان در کراچی، دانشگاه علوم بهداشتی لاهور، دانشگاه علوم بهداشتی DOW در کراچی، دانشگاه اِسرا در حیدرآباد و دانشگاه پزشکی خیبر در پیشاور
با توجه به نتایج رتبه‌بندی دانشگاههای آسیا در سال 2016 میلادی توسط پایگاه تایمز، هیچ یک از دانشگاههای پاکستان در میان 100 دانشگاه برتر آسیا قرار ندارند.با وجود برای نخستین‌بار در رتبه بندی تایمز تعداد دانشگاههای ممتاز از 100 دانشگاه به 200 دانشگاه گسترش یافته است که در این شرایط نام دو دانشگاه پاکستان در فهرست دانشگاههای برتر آسیا مشاهده می‌شود.دانشگاه «قائد اعظم» اسلام آباد و دانشگاه ملی «علوم و تکنولوژی» به ترتیب در جایگاه‌های 101 و 121 این رتبه قرار گرفته‌اند